Le Isole Minori siciliane sono 14, comprese in 8 comuni. 

L'arcipelago delle Eolie, situato al largo delle coste nord-orientali della Sicilia, è costituito da Lipari, Salina, Vulcano, Alicudi, Filicudi, Stromboli e Panarea. Ustica è posta a nord del Golfo di Palermo.

L’arcipelago delle Egadi, situato di fronte a Trapani, al largo della costa nord-ovest della Sicilia, è formato da Favignana, Marettimo e Levanzo.

Pantelleria è situata al largo della costa ovest della Sicilia nel mezzo del Canale di Sicilia, a metà strada tra Africa e Sicilia.

L'arcipelago delle Pelagie, situato quasi al centro del Canale di Sicilia è costituito dalle isole di Lampedusa (l'isola più meridionale d'Italia) e Linosa.

 Caratteristica comune alla maggior parte delle Isole Minori siciliane è la particolarità geologica della loro origine vulcanica  (di natura vulcanica sono le Eolie, Ustica, Pantelleria, Linosa e Lampione, di natura calcarea invece le Egadi e Lampedusa), che ha dato vita alle diverse conformazioni insulari. Queste, diversamente posizionate all’interno del bacino mediterraneo, hanno favorito la nascita e il mantenimento di una grande varietà di bellezze naturalistiche di importanza mondiale.

La natura geologica nelle Isole Minori siciliane è diversa da isola a isola presentando una vasta gamma di condizioni ambientali che hanno permesso la formazione di specie endemiche, tra loro molto differenti.

Le isole siciliane costituiscono un prezioso contributo alla biodiversità. Sono il luogo ideale per la crescita di particolari specie endemiche e costituiscono un importante sito di sosta per le migrazioni degli uccelli dal continente africano, di importanza comunitaria.

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L’Arcipelago delle Eolie è noto in geologia come "Arco delle Eolie" per il suo sviluppo lineare di circa 200 chilometri, dove le isole si elevano da fondali di circa 2000 metri e possono raggiungere anche 1000 metri di altezza circa s.l.m.

Presentano una conformazione costiera varia, caratterizzata dal susseguirsi di alte scogliere e spiagge inframmezzate da grotte, contornate da alti scogli, faraglioni, guglie basaltiche e da isolotti. Le isole Eolie sono interessate ancora oggi da fenomeni di vulcanismo attivo, soprattutto a Stromboli. Uno dei motivi per cui le Eolie sono state nominate patrimonio dell'umanità dall'UNESCO.

Benché di limitata estensione, anche l'isola di Ustica è la parte emersa di un grandioso edificio vulcanico sottomarino che, subendo l'incessante azione erosiva delle onde, nel tempo ha dato vita a un paesaggio costiero straordinariamente vario. L’isola di Ustica è chiamata “paradiso dei sub” perché presenta fondali particolarmente ricchi di vita grazie alla corrente atlantica in ascesa verso l’alto Tirreno e dalla morfologia tormentata ed estremamente varia dei fondali. 

L’arcipelago delle Egadi, costituito da terreni calcarei, è compreso nella piattaforma continentale siciliana, della quale condivide la natura geologica. 

Nell’ecosistema delle Egadi, notevole importanza riveste l’ambiente marino con la sua ragguardevole varietà di popolamenti animali che principalmente dovuta al dinamismo delle acque, alla profondità e alla natura del substrato marino. Marettimo, a causa del suo lungo isolamento dalla Sicilia, presenta una flora molto particolare, con alcune specie assai rare o del tutto assenti in altre parti del mondo; anche la fauna comprende numerose specie di uccelli e rettili caratteristici. Sono segnalate ben 247 specie di uccelli, tra cui il Falco Pescatore e la Poiana, stanziali nell'arcipelago. 

Pantelleria, la più vasta tra le isole minori, è un' isola di origine vulcanica che si caratterizza per l'estrema singolarità del suo paesaggio. Un mosaico di colate laviche a blocchi, cale, faraglioni, favare (emissioni di vapore acqueo che fuoriescono dai crepacci delle rocce vulcaniche) e sorgenti di acque termali tra cui quelle del lago Specchio di Venere.

Anche l'opera dell'uomo rende unica quest'isola. Significativi esempi sono dati dai  Giardini panteschi (costruzioni cilindriche in muratura di pietra lavica per proteggere gli agrumi dal vento) e dai Dammusi (fabbricati rurali con spessi muri a secco,  con tetti bianchi a cupola ed aperture ad arco a tutto sesto, atavici esempi di architettura bio-climatica).

Geologicamente le Pelagie sono le isole più vicine al continente africano e, quindi, presentano delle caratteristiche a questo comuni.

A Lampedusa, nella Baia dei Conigli, vi è l'unico sito italiano di ovodeposizione delle tartarughe marine, in particolare della Caretta caretta, e uno dei più importanti d’Europa. L’isola di Lampedusa è stata dichiarata zona di tutela biologica in ambito marino-costiero, a difesa dei ricchissimi e spettacolari fondali.

Nell'Isola di Linosa, nota come la “perla nera” della Sicilia per la sua natura vulcanica, I Gigli di Mare e i fichi di India dominano incontrastati.

Oltre che dai bei fondali, il mare è arricchito da secche e da anfratti scavati nella roccia, che permettono una vasta riproduzione di animali marini. Oltre a una quantità infinita di pesci mediterranei e subtropicali è da segnalare anche anche qui la presenza della tartaruga marina (Caretta caretta) che sceglie la spiaggia di Linosa per la sua nidificazione.